А в 1913 году, через 28 месяцев после пропажи, к флорентийскому антиквару Альфреду Гери пришёл незнакомец по имени Леонардо и предложил купить у него картину. Он развернул рулон, и антиквар ахнул: перед ним во всём своём великолепии предстал исчезнувший шедевр Леонардо да Винчи. Продавца, конечно, арестовали. В полиции он объяснил, что единственное его желание – вернуть картину на родину, в Италию, из которой её украл Наполеон.
Незнакомец был итальянцем, его звали Винченцо Перуджио (Перуджа). В 1911 году он проживал в Париже, работая стекольщиком. Его профессия оказалась востребована в Лувре.
Во многих музеях мира выходной день понедельник, и именно в этот день Перуджио был один в зале, где находилась "Джоконда". Недолго думая, он вынул её из рамы, спрятал под рабочим халатом и беспрепятственно вышел. Охрана знала его в лицо, поэтому пропустила без задержки. Вор пришёл в свою комнатку на улице Госпиталя Сен-Луи и спрятал шедевр под кроватью, где бедная пленница пролежала больше двух лет. Позже Перуджио увёз картину в Италию.
Полиция и общественность были потрясены лёгкостью, с которой было похищено бесценное полотно. Были опрошены все служители Лувра во главе с директором, но улик против них не было. Был арестован даже Пабло Пикассо, который заявлял, что классическая живопись уже устарела и что "Мону Лизу надо убрать из Лувра".
На Перуджио так и не вышли, хотя на раме картины были обнаружен отпечаток его пальца. Идентифицировать отпечаток не удалось. Следствие по делу исчезновения шедевра возглавлял сам Альфонс Бертильон, создавший «бертильонаж» - систему идентификации преступников по их антропометрическим данным: измеряли рост, объем головы, длину рук и ног, но не делали отпечатки пальцев, потому что Бертильон считал дактилоскопию лженаучным методом, а значит, бесполезным.
Скандал по поводу хищения картины был огромный. Директор Лувра был вынужден уйти в отставку, а музейная администрация была уволена.
Шедевр вернули в Лувр. Когда 1914 году картину представили посетителям, то посмотреть на неё пришло более ста тысяч человек.
Похитителя судили. Итальянский суд был растроган объяснением Перуджио, что он, дескать, украл картину из чисто патриотических побуждений, и вынес мягкий приговор: 1 год и 15 дней. Весь срок вор не отсидел и вышел на свободу уже через несколько месяцев.
Все были удовлетворены (картина на месте, вор наказан. Нерадивые работники Лувра уволены), только один Бертильон был недоволен: он не поверил в патриотические объяснения вора и считал, что Перуджио украл полотно с целью обогащения.
Впоследствии "Мона Лиза" покидала Лувр только два раза: в 1963 году была в США, а в 1974 году выставлялась в Японии, но по пути оттуда была выставлена в ГМИИ им. А.С. Пушкина в Москве.